依據國家出入境檢驗檢疫（現為國家質監檢驗檢疫總局）《關于山東出入境檢驗檢疫局下屬分支局辦事處設置和人員編制的批復》（國檢人[1999]335號）和《關于山東出入境檢驗檢疫局下屬事業單位設置的通知》（國檢人[1999]257號），國務院辦公廳相關部門建在東營市的出入境簽證衛生檢疫與進口食品質量安全監管檢測、動植物檢疫和進出口產品檢驗機構合拼建立我國東營市出入境簽證檢驗檢測（正處級），為山東出入境檢驗檢疫的分支機構，推行由山東出入境檢驗檢疫立即領導干部的垂改體系。承擔東營市地域出入境簽證衛生檢疫、動植物檢疫和進出口貿易產品質量檢測、評定、驗證和監管工作中。稽查根據主要是“四法三規章”：即《進出口商品檢驗法》以及《實施條例》、《進出境動植物檢疫法》及其《實施條例》《國境衛生檢疫法》以及《實施細則》、《食品衛生法》。

1999年11月東營市出入境簽證檢驗檢疫內設公司辦公室、檢務與綜合性業務科、環境衛生檢驗檢測科、動物與植物檢驗檢測科、紡織工業機電工程檢驗鑒定科、綜合性技術性服務站6個部門。2004年加設華泰直達貨運站檢驗檢測科，2010年加設檢驗鑒定科。

東營市檢驗檢疫關鍵肩負東營市地域的出入境簽證工作人員、產品、船只以及他代步工具的檢驗檢測每日任務。內設公司辦公室、檢務與綜合性業務科、衛檢科、動植檢科、紡織工業機電工程科、華泰直達貨運站檢驗檢測科六個行政部門部門和綜合性技術性服務站一個機關事業單位, 目前在編員工44名。

東營市檢驗檢疫自始至終以毛澤東思想和“三個代表”關鍵觀念為具體指導，樹牢科學發展，依照“恪盡職守、敢于承擔、嚴把國境、保國安民”的規定，進一步加強黨風廉政教育和行風建設，以“服務項目外經外貿公司、轉型發展外向型經濟”以民為本，以造就優良的營商環境為立足點和著力點，為推動地區經濟發展作出了奉獻。依次得到省部級“文明行為機關單位”、省部級“環境衛生先進單位”、省部級“共創精神文明建設港口先進單位”、“全省適用外經外貿工作中先進單位”、“適用東營市發展趨勢突出貢獻獎”等光榮稱號。